Frederiksborginhevosten jalostamisen aloitti Tanskan kuningas
Frederik
II. Tarkoituksena oli luoda vireä
ja laadukas hevonen, joka sopi sotaratsuksi ja korkeaan kouluratsastukseen.
Jalostukseen käytettiin andalusianhevosia ja napolinhevosia.
Tuloksena oli tyylikäs
ja hyvin käyttökelpoinen hevonen, josta tuli hyvin suosittu koko
Euroopan hoveissa. Sitä käytettiin muiden rotujen jalostukseen,
mm. yksi
lipizzanhevosten kantaoreista oli "valkoinen" (kimo)
frederiksborg
Pluto, joka syntyi Tanskan kuninkaallisessa siittolassa
1765.
Suosio koitui lopulta miltei koko rodun tuhoksi. Siitoshevosia vietiin
ulkomaille niin paljon, ettei Tanskaan jäänyt enää
tarpeeksi laadukasta kantaa. Lisäksi 1839 hovisiittola alkoi tuottaa
täysiverityyppisiä hevosia ja vanha frederiksborg-tyyppi katosi.
Hovisiittolan lopetettua toimintansa yksityiset kasvattajat kasvattivat
frederiksborgeja vaunuhevosiksi. Vielä nykyäänkin frederiksborgit ovat harvinaisia.